Η πολιτική και στρατηγική του ΕΙΜ αποφασίζεται από το επταμελές Διοικητικό του Συμβούλιο σε συμμόρφωση με τη γενικότερη πολιτική του Υπουργείου Ανάπτυξης για τους εποπτευόμενους φορείς της πολιτείας, ενώ η διοίκηση σε επιχειρησιακό-λειτουργικό επίπεδο ασκείται από το Γενικό Διευθυντή με τη υποστήριξη των πέντε διευθύνσεων του Ινστιτούτου.

Στο Ινστιτούτο εφαρμόζεται σύστημα διοίκησης σύμφωνα με τις απαιτήσεις των διεθνών προτύπων ISO 9001 και ISO 17025 για την τεκμηρίωση της τεχνικής επάρκειας των μετρολογικών του δραστηριοτήτων και για την αποτελεσματική διαχείριση της ποιότητας των υπηρεσιών του.

Στελεχώνεται από άριστα εκπαιδευμένο και εξειδικευμένο επιστημονικό και τεχνικό προσωπικό, με μακροχρόνια εμπειρία στα πεδία των μετρήσεων. Το προσωπικό ακολουθεί ένα πρόγραμμα συνεχούς εκπαίδευσης και ενημέρωσης στα μεγαλύτερα κέντρα μετρολογίας του κόσμου για την παρακολούθηση της σύγχρονης τεχνολογίας και για την απόκτηση της αναγκαίας γνώσης στα νέα μετρολογικά επιτεύγματα.